مکتب شیخیه در اواخر قرن دوازدهم و اوایل قرن سیزدهم هجری، هم‌زمان با اواخر دوره صفویه و آغاز دوران قاجار، در ایران شکل گرفت. می‌توان گفت که بستر تاریخی اصلی ظهور شیخیه، دوره حکومت فتحعلی‌شاه قاجار بود. فتحعلی‌شاه، پس از دوازده سال پادشاهی آقامحمدخان قاجار، زمام سلطنت را به دست گرفت و تقریباً در میانه حکومتش با شیخ احمد احسائی آشنا شد. این آشنایی، شیخ احسائی را به طور مؤثر وارد معادلات سیاسی و فرهنگی جامعه اسلامی آن زمان کرد.
پس از پایان دوران صفویه، فضای فکری شیعه عمدتاً تحت سلطه اخباریان بود. بسیاری از اخباری‌ها بر ظواهر روایات و احادیث تأکید داشتند و اجتهاد (به‌کارگیری عقل و استدلال در استنباط احکام) را مردود می‌دانستند. این دیدگاه در بسیاری از حوزه‌های علمی شیعه پیروان زیادی داشت و اخباری‌گری به عنوان جریانی غالب در حال گسترش بود.
البته ناگفته نماند که جریان اصولی، به ویژه پیروان مرحوم وحید بهبهانی و آقا باقر بهبهانی و برخی دیگر از فقها، مبارزه فکری عمیقی را علیه اخباری‌گری آغاز کرده بودند. آن‌ها تلاش می‌کردند تا مکتب اجتهاد و عقل‌گرایی را در فقه شیعه احیا کنند. از سوی دیگر، فلسفه و عرفان نیز در حال بسط و گسترش بود، به خصوص آموزه‌های فلسفی ملاصدرا در حکمت متعالیه و عرفان نظری.
در کنار این تحولات فکری، فضای سیاسی و اجتماعی آن دوران نیز بحث‌هایی را پیرامون غیبت امام زمان (عج) و انتظار فرج دامن زده بود. این دغدغه‌های الهیاتی شیعه شامل چگونگی ارتباط با امام زمان و نوع آمادگی برای ظهور ایشان بود که در آن زمان اهمیت فراوانی داشت.
