در پاسخ به شبهه مطرحشده درباره علت نپرداختن به جریان شیخیه در این دوره ـ که از سوی برخی، دستاویزی برای تطهیر این جریان و نفی انحراف آن قرار گرفته است ـ ذکر نکات زیر ضروری است:
اولاً، با توجه به محدودیت زمانی دوره و کثرت جریانها و فرقههای مورد بحث، امکان پرداختن تفصیلی به همه آنها در یک دوره آموزشی وجود نداشت. ازاینرو، برنامهریزی دورههای آموزشی بهگونهای انجام شده است که در هر دوره، تعدادی از این جریانها مورد بررسی قرار گیرند و نقد و بررسی تفصیلی جریان شیخیه نیز به دورههای بعدی موکول شده است.
بنابراین، ذکر نشدن نام یک فرقه یا جریان در این دوره، بههیچوجه به معنای تأیید آن یا نفی انحرافش نیست. چنانکه در همین دوره نیز به جریانهایی همچون منصور هاشمی خراسانی، دروزیها، نصیریه و برخی دیگر از جریانها پرداخته نشده است. بدیهی است اگر صرفِ مطرح نشدن یک جریان در دوره را نشانه صحیح بودن آن بدانیم، سایر جریانهای مذکور نیز میتوانند با همین استدلال مدعی عدم انحراف خود شوند؛ در حالی که چنین استدلالی آشکارا مغالطهآمیز است.
ثانیاً، با وجود محدودیت زمانی، در همین دوره عمومی نیز در دو نوبت، بهاجمال به پیشینه و انحرافات شیخیه اشاره شده است:
۱. در بحث مربوط به انجمن حجتیه، ضمن بررسی زمینههای فکری و تاریخی شکلگیری برخی جریانها، به شیخیه و انحرافات فکری آن نیز اشاره شده است که فایل صوتی این بخش موجود است.
۲. در ریشهیابی جریان بهائیت نیز بهصراحت بیان شد که بخشی از زمینهها و بسترهای فکری پیدایش بابیت و بهائیت به جریان شیخیه بازمیگردد و شیخیه در فراهم شدن زمینه فرهنگی و اعتقادی ظهور این جریانها نقش داشته است.
ثالثاً، در تأیید انحرافات این جریان میتوان به فتاوا و دیدگاههای برخی مراجع عظام تقلید اشاره کرد.
آیتالله العظمی مکارم شیرازی (دام ظله) در پاسخ به استفتایی درباره شیخیه فرمودهاند: «شیخیها دارای بعضی اعتقادات انحرافی هستند و وصلت با آنها خالی از اشکال نیست.» همچنین از ایشان نقل شده است: «شیخیه بدون شک دارای انحرافاتی هستند.»
افزون بر این، شماری از فقها و علمای بزرگ نیز با تعابیری همچون «فرقه ضاله» و «منحرف» از این جریان یاد کرده و بر وجود انحرافات اعتقادی در شیخیه تأکید داشتهاند.
بنابراین، نپرداختن تفصیلی به شیخیه در این دوره، هرگز به معنای تأیید این جریان یا نفی انحرافات آن نبوده و نیست. علت اصلی این امر، محدودیت زمانی و تقسیم مباحث میان دورههای مختلف آموزشی بوده است و نقد و بررسی تفصیلی شیخیه نیز در برنامه دورههای بعدی قرار خواهد گرفت.

