شیخ احمد احسائی با ارائه مفاهیم و تفاسیر نوینی که مطرح کرد، مبانی فکری جدیدی را پایه‌گذاری نمود. این دیدگاه‌ها برای بسیاری از هم‌عصران او بسیار بدیع و متفاوت با اندیشه‌های رایج بود؛ تا جایی که برخی این نواندیشی را نوعی بدعت شمردند و به همین دلیل، شیخ احسائی مورد تکفیر قرار گرفت.
یکی از نظریات اصلی که به تکفیر شیخ احمد احسائی منجر شد، دیدگاه او درباره معاد بود. او معتقد بود که جسم فعلی ما در قیامت محشور نمی‌شود؛ بلکه جسمی که محشور می‌گردد، جسم مادی دنیوی نیست. در عوض، او از “جسم هورقلیایی” سخن می‌گفت که از عالم برزخ و مثال است و از عناصری لطیف‌تر تشکیل شده است.
نظر دیگر شیخ احسائی، در مورد معراج پیامبر اکرم (ص) بود. او بر این باور بود که پیامبر در هر آسمان و متناسب با هر عالم، جسمی متفاوت و متناسب با آن عالم به خود می‌گرفت.
دیدگاه بحث‌برانگیز دیگر او، تفسیری خاص از مقام اهل بیت (ع) بود. شیخ احسائی معتقد بود که اهل بیت (ع) دارای علم ذاتی هستند و مظهر تمام‌عیار اسماء الهی‌اند. افراط ایشان در این دیدگاه به قدری بود که برخی منتقدان، وی را “غالی” (افراط‌گرا در بیان مقام ائمه) قلمداد کردند.
