زینب برخورداری، عضو هیئت علمی دانشگاه تهران و دکتری منطق، به نقد برنامه «معنویت برای کودکان» پرداخت. وی همچنین اذعان داشت طراحان برنامه معنویت برای کودکان تحت تاثیر فلسفه کابالا هستند و مشخص نمی کنند که نهایت و غایت معنویت موجود در جهان به کجا می رسد. در واقع منشأ و غایت معنویت را بیان نمی کنند.
پیش از علیرضا مرندی، رئیس فرهنگستان علوم پزشکی و وزیر سابق بهداشت درمان و آموزش پزشکی، همسو با برنامه جهانی سازمان جهانی بهداشت (WHO) اعلام کرده بود که برنامه «معنویت برای کودکان» توسط فرهنگستان علوم پزشکی و وزارت بهداشت درمان و آموزش پزشکی پیگیری شده و از وزارت آموزش و پرورش و سازمان بهزیستی درخواست داریم تا در این برنامه با ما همکاری کنند.
همچنین حجه الاسلام مظاهری سیف رئیس موسسه علمی-فرهنگی بهداشت معنوی نیز به نقد برنامه «معنویت برای کودکان» و اصرار بر آموزش مفاهیم معنوی برای کودکان پرداخت.
وی با بیان اینکه معنویت در غرب فرصتی برای گریز از فشار‌های زندگی جدید تعریف می‌شود، عنوان کرد: به همین علت است که مهمترین برنامه معنوی در جریان‌های معنویت گرای سکولار این است که در حالت مدیتیشن می‌نشیند و نفس عمیق می‌کشند و جنگل، باغ، رود، کوه، دریا و… را تخیل می‌کنند. در برنامه معنویت برای کودکان نیز اگر بخواهیم کانون برنامه‌ها و سرمایه گزاری و تحقیق و پژوهش را بر روی مرحله کودکی تا هفت سال بگذاریم در نهایت ما محتوا‌هایی را برای سلامت معنوی تولید می‌کنیم که همان قصه شاه پریان و تخلیات و بازگشت به کودک درون می‌شود و براساس جایی که کانون قضیه شده و اصل برنامه‌ها را به خود اختصاص داده سایر مراحل هم تحت تأثیر قرار می‌گیرد و برای بزرگ سالان هم وقتی بخواهیم از معنویت سخن بگویم، موضوع مدیتیشن و تخیلات و کودک درون اساس کار را تشکیل می‌دهد.
